Jest to druga co do wielkości wyspa wśród wszystkich, które należą do Filipin. Większa od niej jest tylko wyspa Luzon. Mindanao położona jest dokładnie w południowej części archipelagu filipińskiego. Posiada dobrze rozwiniętą linię brzegową z wieloma rozbudowanymi półwyspami i zatokami, które nadają wyjątkowy i piękny charakter całej wyspie. Sama wyspa jest dosyć górzysta, a jej najwyższym szczytem jest wulkan Apo, który ma prawie trzy tysiące metrów wysokości, a który jednocześnie jest najwyższym szczytem w całych Filipinach.